Soutenance de Thèse : Yunlong Jia

Le 6 juillet, Yunlong Jia de l'équipe de Samir Merabet soutiendra sa thèse intitulée :  

"Évolution parallèle de la BiFC pour l'étude des interactions protéine-protéine dans les cellules vivantes"

Résumé :

Les protéines sont cruciales pour la plupart des fonctions cellulaires et participent généralement aux processus biologiques de concert avec d'autres protéines. L'identification des acteurs protéiques clés et la caractérisation des interactions protéine-protéine (IPP) sont donc très importantes. Grâce aux progrès substantiels de la biotechnologie actuelle, un large éventail de méthodes a été développé pour disséquer le paysage des IPP. Compte tenu de leur popularité et de leur puissance, l'essai par complémentation de fluorescence biomoléculaire (BiFC), basé sur la reconstitution d'une protéine fluorescente, est apparu comme la méthode de complémentation la plus populaire pour analyser les IPP in vivo.

Mon équipe a établi la BiFC pour sonder différentes interactions binaires entre protéines dans l’embryon vivant de drosophile. Au cours de mon travail de Thèse, j'ai étendu l'utilité de la BiFC aux cellules vivantes de mammifères. En particulier, j'ai standardisé le protocole de l'analyse BiFC pour étudier les affinités de liaison des protéines, d'une manière simple et applicable. Cette approche quantitative de la BiFC a été utilisée dans une analyse systématique des propriétés d'interaction HOX/PBX/MEIS dans des cellules vivantes et a révélé de nouvelles interfaces d'interaction dans plusieurs protéines HOX humaines.

En outre, j'ai appliqué la BiFC de la détection des IPP à haut débit. En jumelant des collections d'ORF humains vérifiés par séquence avec le séquençage de nouvelle génération, j'ai participé à la conception d'un outil puissant permettant de réaliser un écran d'interaction BiFC à grande échelle dans des cellules vivantes. Grâce à cette approche, une vue synoptique des interactomes HOX complets a été réalisée. Ce travail a apporté des perspectives nouvelles sur les propriétés générales d’interaction des protéines HOX tout en fournissant de nouveaux outils permettant désormais des analyses interactomiques comparatives à large échelle.

Parallèlement au développement contemporain des méthodes de marquage de proximité, j'ai décrit et testé, dans le cadre de mes projets parallèles, une nouvelle approche pour la détection des IPP au niveau cellulaire, qui combine les technologies BiFC et BioID (identification par biotinylation dépendante de la proximité) et permet de déchiffrer l'interactome endogène d'un complexe protéique.

En résumé, mon travail de thèse démontre que la BiFC est un outil polyvalent et puissant pour étudier les IPP dans le contexte cellulaire vivant, à petite ou grande échelle. En combinant la BiFC à d’autres outils, mon travail ouvre également de nouveaux champs d’applications pour le futur. Le test BiFC a montré un potentiel de combinaison avec d'autres méthodes et a largement enrichi l'ensemble des outils en conférant des fonctionnalités améliorées ou nouvelles. 

La soutenance se fera en anglais.