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Plateforme de séquençage
Présentation
Présentation de la Plateforme de Séquençage de l'IGFL
La plateforme de séquençage de l’IGFL (PSI) réalise depuis fin 2012 des projets de séquençage à haut-débit, à l’aide de technologies de séquençage de dernière génération (NGS). Grâce à des infrastructures de grande qualité et aux compétences réunies au sein de la plateforme, nous avons développé une expertise dans la réalisation de projets atypiques, nécessitant du développement méthodologique.
La plateforme fonctionne principalement sur un mode collaboratif avec le monde académique et privé.
Activités
La plateforme de séquençage met en place et réalise, avec l’aide éventuelle des utilisateurs, des projets de séquençage autour d’applications multiples, les différents types de séquenceurs disponibles permettant la réalisation de projets de toute envergure. Les projets sont discutés en amont avec les utilisateurs afin de déterminer la meilleure stratégie de séquençage avant d’être réalisés.
Les applications possibles couvrent un vaste panel de domaines de recherche, impliquant par exemple le séquençage de novo de petits et de moyens génomes, d’ARN (ARNm, miARN, Dual RNAseq), le ChIPseq, les études transcriptomiques et métagénomiques (diversité bactérienne 16S ou ADN environnemental), les projets de screening (e.g. CRISPR), ainsi que le séquençage de régions ciblées (ex : panel de gènes) et d’amplicons.
Partenaire au sein du projet EquipEx+ Spatial-Cell-ID, la plateforme est également équipée d’un équipement Chromium Controller (10X Genomics) permettant la réalisation de projets Single Cell ARN (gene expression) ou ADN (ATAC-seq).
La plateforme de séquençage peut prendre en charge certaines analyses bioinformatiques primaires (mapping sur un génome de référence d’espèce modèle ou assemblage de petits génomes séquencés), mais n'assure pas les analyses secondaires ou de traitement statistique des données. Toutefois, elle propose diverses solutions pour une aide au traitement de données, soit par des moyens locaux (plateforme d’analyse Galaxy) soit par l’intermédiaire de prestataires externes (académiques ou privés) ayant déjà collaboré avec la plateforme.
Parallèlement au développement et la mise en œuvre des nouveaux protocoles de séquençage, la plateforme PSI conduit des recherches propres dans le domaine de l’ADN environnemental (ADNe), étudiant notamment la diversité du vivant à différents niveaux (vertébrés, bactériens…) par des approches variées (métagénomique, barcoding, metabarcoding, études d’impact, ….) au sein de milieux naturels complexes (eau, sol, microbiotes, …).
Equipements
La plateforme est équipée de 5 séquenceurs à haut-débit de 2 technologies différentes (Illumina pour les short-reads et Oxford Nanopore Technologies pour les mong-reads) :
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Technologies |
Sequencers/Equipment |
Sequence length |
Number of reads/run |
Duration of sequencing |
Applications |
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Nextseq500
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Single End : 75 ou 150 pb Paired End : 2x75 ou 2x150 pb |
130 - 400 millions | 12 à 30 heures |
Transcriptomique (bulk ou single cell) Séquençage ciblé (e.g. exomes) Whole genome sequencing (de novo ou re-séquençage) Methylation et ChIP seq Screen CRISPR |
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MiSeq
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Single End : 50 à 300 bp Paired End : 2x25 à 2x300 bp |
1, 4, 15 ou 25 millions | 17 à 56 heures |
Screening Amplicon (e.g. métagénomique bactérienne, Ampliseq, Panel de gènes) Petits génomes, 4C, ATAC seq |
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Minion
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Plusieurs kb |
Milliers à millions | Jusqu’à 72 h | Applications longues reads à partir d’ADN, ARN, ou d’amplicons | |
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2 Mk1C
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Chromium Controller
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Encapsulation de cellules uniques ou noyaux | Jusqu’à 10k cellules | - |
Transcriptomique Single Cell (3’ mRNA, 5’ mRNA) Single Cell ATAC seq |
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Nous disposons sur place de tous les équipements nécessaires à la réalisation des étapes du séquençage (qualification et quantification des acides nucléiques, construction et validation des banques et séquençage haut-débit). Ces équipements (Qubit 4.0 Invitrogen, Tapestation 4150 Agilent, Nanodrop 2000 Thermofisher, S220 Focused-ultrasonicator Covaris, …) sont accessibles à tous les utilisateurs de la plateforme.
La plateforme dispose de toutes les infrastructures, et notamment de laboratoires en milieu confiné de type salle blanche, pour réaliser des projets à partir d'acides nucléiques en quantités limitées et/ou dégradés. La plateforme a mis en place des procédures de marche en avant permettant de limiter les problèmes de contamination par des acides nucléiques exogènes.
Accompagnement et conseils
Les responsables de la plateforme peuvent participer à la définition du plan expérimental de votre projet de séquençage. Ils encadrent et accompagnent également les utilisateurs dans la réalisation de leur projet de séquençage, en les formant en particulier aux étapes de qualification des échantillons et de construction des banques de séquençage.
Organisation
La plateforme est rattachée à la direction de l'IGFL et est composée d’une équipe de 6 personnes actuellement.
La plateforme interagit avec les utilisateurs de façon régulière et lors de séminaires internes pour dresser le bilan des projets et identifier des pistes futures de développement et de fonctionnement.
Formations professionnelle et continue
La plateforme NGS est impliquée dans plusieurs actions de formations professionnelles et continues :
- Formation théorique : « Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet » - Formation Biosciences&Co / ENS de Lyon ;
- Formation théorique et pratique : « Préparation des banques NGS à partir d'ADN : les étapes pratiques et méthodologiques appliquées à la technologie Illumina» - Formation CNRS Formation Entreprises ;
- Formation théorique et pratique : « Les étapes pratiques et méthodologiques du séquençage de grands fragments ("long reads") d'ADN et/ou d'ARN » - Formation CNRS Formation Entreprises ;
- Module d’enseignement pratique dans le cadre de l’UE Bioscience de l’ENS Lyon (depuis 2016).
Tarifs
Chaque projet est discuté avec l'équipe de direction PSI. Un devis est alors élaboré selon une grille tarifaire (prestation, collaboration de recherche, ...) validée par la présidence de l'ENSL.
N’hésitez pas à nous contacter (Benjamin GILLET ou Sandrine HUGHES) pour plus de renseignements ou un devis.