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Soutenance de Thèse : Lies Chikhaoui
| Quand ? |
Le 21/10/2022, de 14:00 à 17:00 |
|---|---|
| Où ? | Amphi G1, ISFA |
| S'adresser à | Lies Chikhaoui |
| Participants |
Dr. Ouria Dkhissi-Benyahya, Chargée de recherche HDR, Université Lyon 1 Dr. Virginie Faure, Maîtresse de conférences HDR, Université Grenoble-Alpes Dr. Benjamin Audit, Directeur de recherche, ENS Lyon Dr. Sandrine Hughes, Chargée de recherche, ENS Lyon; Dr. Joel Richter, Professeur, University of Massachusetts; Dr. Marie Sémon, Professeure des universités, ENS Lyon; Dr. Yutaka Suzuki, Professeur, University of Tokyo; Dr. Kiran Padmanabhan, Chargé de recherche HDR, ENS Lyon. |
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Le 21 octobre, Lies Chikhaoui de l'équipe de Kiran Padmanabhan soutiendra sa thèse intitulée :
"Oxford Nanopore sequencing reveals a pervasive role for the mammalian circadian clock in shaping the tissue transcriptome"
Résumé :
Chez les mammifères, des horloges circadiennes robustes déterminent la rythmicité de nombreux phénomènes biologiques et coordonnent les programmes d'expression des gènes de manière spécifique aux tissus. Les analyses du transcriptome à l'aide de technologies conventionnelles, telles que les puces à ADN et Illumina-seq, ont révélé des rythmes dans environ 10-15% des gènes exprimés dans le foie chez la souris. Le séquençage direct de l'ARN avec Oxford Nanopore permet la détection de différentes isoformes de gènes et donc l'étude des épissages/promoteurs alternatifs, la mesure précise de la longueur de la queue poly(A), et l'identification et la quantification des modifications épi-transcriptomiques, générant ainsi une vue complète du transcriptome.
En utilisant une approche protéomique, nous avons identifié les facteurs d'épissage alternatif qui sont mal régulés dans le foie de souris dont les rythmes circadiens sont altérés, mais aussi un composant du complexe central d'épissage qui oscille.
Pour mesurer les conséquences potentielles de ces observations sur l'épissage général dans le tissu, nous avons réalisé un séquençage long-read à un niveau sans précédent, générant plus de 100 millions de lectures à partir de foies de souris Wild type sur 24 heures ainsi que de souris Per1-/-;Per2-/- dépourvues de rythmes circadiens.
Les résultats de l'analyse révèlent de nouveaux transcrits cycliques, ainsi que des isoformes avec des dynamiques différentes (ou même en antiphase) bien que générés par le même gène, suggérant une activité circadienne de l'épissage alternatif. De plus, nous avons identifié environ 2000 événements d'épissage alternatif dérégulés chez les souris Per knockout et observé des commutations d'isoformes qui pourraient avoir un impact sur le métabolisme. De façon cohérente, les événements d'épissage dérégulés étaient enrichis en cibles d'un facteur identifié par spectrométrie de masse. En outre, nous avons constaté une dynamique de la longueur des queues polyA en fonction du temps ainsi qu'un changement global chez les souris PerKO. Dans l'ensemble, nos résultats fournissent des preuves que l'horloge circadienne module les modifications post- transcriptionnelles afin de façonner le transcriptome des tissus.