Plateforme de séquençage

Présentation

Présentation de la Plateforme de Séquençage de l'IGFL 

La plateforme de séquençage de l’IGFL (PSI) réalise depuis fin 2012 des projets de séquençage à haut-débit, à l’aide de technologies de séquençage de dernière génération (NGS). Grâce à des infrastructures de grande qualité et aux compétences réunies au sein de la plateforme, nous avons développé une expertise dans la réalisation de projets atypiques, nécessitant du développement méthodologique.

La plateforme fonctionne principalement sur un mode collaboratif avec de nombreux acteurs de la recherche académique et privé.

Activités

La plateforme de séquençage met en place et réalise, avec l’aide éventuelle des utilisateurs, des projets de séquençage autour d’applications multiples, les différents types de séquenceurs disponibles permettant la réalisation de projets de toute envergure. Les projets sont discutés en amont avec les utilisateurs afin de déterminer la meilleure stratégie de séquençage avant d’être réalisés.

Les applications possibles couvrent un vaste panel de domaines de recherche, impliquant par exemple le séquençage de novo de petits et de moyens génomes, d’ARN (ARNm, miARN, Dual RNAseq), le ChIPseq, les études transcriptomiques et métagénomiques (diversité bactérienne 16S ou ADN environnemental sur différents types de marqueurs nucléaires, mitochondriaux ou chloroplastiques), les projets de screening (e.g. CRISPR), ainsi que le séquençage de régions ciblées (ex : panel de gènes) et d’amplicons.

Partenaire au sein du projet EquipEx+ Spatial-Cell-ID, la plateforme réalise des projets de Single Cell/Nuclei (Parse Biosciences,10X Genomics, …). A ce titre, elle est notamment équipée des équipements Chromium Controller et Chromium iX (10X Genomics) permettant la réalisation de projets Single Cell ARN (gene expression) ou ADN (ATAC-seq).

La plateforme de séquençage peut dans certains cas prendre en charge certaines analyses bioinformatiques primaires (mapping sur un génome de référence d’espèce modèle ou assemblage de petits génomes séquencés), et également des analyses secondaires ou de traitement statistique des données. Si la plateforme n’est pas partie prenante des analyses des données produites, elle propose alors diverses solutions pour une aide au traitement des données, soit par des moyens locaux (par exemple, accompagnement et formation à l’utilisation de la plateforme d’analyse Galaxy ou encore accès à des pipelines d’analyses), soit par l’intermédiaire de prestataires externes (académiques ou privés) ayant déjà collaboré avec la plateforme.

Parallèlement au développement et la mise en œuvre des nouveaux protocoles de séquençage, la plateforme PSI conduit des recherches propres dans le domaine de l’ADN environnemental (ADNe), étudiant notamment la diversité du vivant à différents niveaux (vertébrés, bactériens…) par des approches variées (métagénomique, barcoding, metabarcoding, études d’impact...) au sein de milieux naturels complexes (eau, sol, microbiotes…). La plateforme PSI est actuellement partenaire de plusieurs projets de recherche ANR (HYPOTHYRO en 2022, ADAPT en 2023, GUTSTUNTING en 2024, ESSENTIAL en 2025).

Equipements

La plateforme est équipée de 6 séquenceurs à haut-débit de 2 technologies différentes (Illumina pour les short-reads et Oxford Nanopore Technologies pour les long-reads) :

Nous disposons sur place de tous les équipements nécessaires à la réalisation des étapes du séquençage (qualification et quantification des acides nucléiques, construction et validation des banques et séquençage haut-débit). Ces équipements (Qubit 4.0 Invitrogen, Tapestation 4150 Agilent, Nanodrop 2000 Thermofisher, sonicateurs (S220 Focused-ultrasonicator Covaris ou Bioruptor Diagenode)…) sont accessibles à tous les utilisateurs de la plateforme.

La plateforme dispose de toutes les infrastructures, et notamment de laboratoires en milieu confiné de type salle blanche (environ 100m2), pour réaliser des projets à partir d'acides nucléiques en quantités limitantes et/ou dégradés. La plateforme a mis en place des procédures de marche en avant permettant de limiter les problèmes de contamination par des acides nucléiques exogènes.

Accompagnement et conseils

Les responsables de la plateforme peuvent participer à la définition du plan expérimental de votre projet de séquençage. Ils encadrent et accompagnent également les utilisateurs dans la réalisation de leur projet de séquençage, en les formant en particulier aux étapes de qualification des échantillons et de construction des banques de séquençage.

Organisation

La plateforme est rattachée à la direction de l'IGFL et est composée d’une équipe de 7 personnes actuellement.

• Sandrine Hughes (CR CNRS) et Benjamin Gillet (IR HC CNRS) – co-direction PSI
• Yves Dusabyinema (IE CDD CNRS) - Expérimentation biologie moléculaire
• Julien Dellinger (IE CDD ENS) – Bioinformatique
• Marie Fackeure (IE CDD ENS) - Expérimentation biologie moléculaire
• Maelys Royer (Etudiante Licence professionnelle en apprentissage) - Expérimentation biologie moléculaire
• Romain Guyot (IR CNRS – temps partiel) - Expérimentation biologie moléculaire

La plateforme interagit avec les utilisateurs de façon régulière et lors de séminaires internes pour dresser le bilan des projets et identifier des pistes futures de développement et de fonctionnement.

Formations professionnelle et continue

La plateforme NGS est impliquée dans plusieurs actions de formations professionnelles et continues :

• Formation théorique : « Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet » - Formation Biosciences&Co / ENS de Lyon ;
• Formation théorique et pratique : « Préparer des banques pour les technologies NGS Illumina et Nanopore : les étapes pratiques et méthodologiques appliquées au séquençage short et long reads »  - Formation CNRS Formation Entreprises ;
• Formation théorique et pratique : « Les étapes pratiques et méthodologiques du séquençage de grands fragments ("long reads") d'ADN et/ou d'ARN » - Formation CNRS Formation Entreprises ;
• Module d’enseignement pratique dans le cadre de l’UE Bioscience de l’ENS Lyon (depuis 2016) ;
• Cours NGS en Licence Professionnelle Bio-Industries et biotechnologies, Parcours Biochimie, biologie moléculaire et cellulaire pour le diagnostic in vitro et les biothérapies de l’UCB Lyon 1.

Implication dans les projets

La plateforme est partenaire et/ou interagit dans plusieurs projets.

ANR HYPOTHYRO - https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE14-0026

ANR ADAPT - https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE35-0005

ANR Gut Stunting - https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE14-0034

ANR ESSENTIAL – A venir

Projet Européen H2020 REVEAL – K. Padmanabhan (IGFL) - http://reveal-h2020.ai/

EquipEX+ Spatial-Cell-ID – https://spatial-cell-id.ens-lyon.fr/

Tarifs

Chaque projet est discuté avec l'équipe de direction PSI. Un devis est alors élaboré selon une grille tarifaire (prestation, collaboration de recherche...) validée par la présidence de l'ENSL.

N’hésitez pas à nous contacter (Benjamin GILLET ou Sandrine HUGHES) pour plus de renseignements ou un devis.

Anciens membres de la plateforme 

Pascale Roux

Laetitia Lèbre

Maéva Nicolardot

Lalie Bellaton

Anciens équipements 

SOLiD (Applied Biosystems, Thermofisher) – Arrêt 2017

PGM et Proton (Ion Torrent, Thermofisher) – Arrêt 2021

Ion Chef (Thermofisher) – Arrêt 2022